Grāmatu izpārdošanu muzejs organizē ik gadu, un cilvēku interese par to pieaug ar katru reizi. Piedāvājumā ir galvenokārt grāmatas par vēsturi un kartes, piemēram, muzeja Gadagrāmatas, A.E. Feldmaņa pētījums par PSRS uzbrukumu Latvijas Republikas robežkontroles punktam 1940. gada vasarā „Masļenku traģēdija”, vairāki Via Dolorosa sējumi, interaktīvā Gulaga karte un citi izdevumi.
Izpārdošana notiek muzeja grāmatu veikalā Raiņa bulvārī 7 katru dienu, izņemot pirmdienas, no 11.00 līdz 17.00.